O Fundef teve duração de oito anos e tinha como função repassar aos municípios verbas compostas por recursos de cada estado, destinadas à educação fundamental. Muitas vezes essas verbas eram complementadas pela União. No entanto, os repasses não eram feitos por completo, sendo, muitas vezes, inferiores ao efetivamente devido.
Após ação do Ministério Público Federal (MPF) de São Paulo, a conclusão veio com a setença que condenava a União a pagar as diferenças de completação do Fundef aos municípios.
Apesar disso, a decisão que cancela o repasse do montante de mais de R$ 7 bilhões ao Maranhão foi tomada após o desembargador federal Fábio Pietro ter paralisado as ações movidas por centenas de prefeituras contra a União, uma vez que os prefeitos cobravam o ressarcimento de valores que deveriam ter sido destinados aos municípios entre 1998 e 2006.
Além do cancelamento dos repasses, a decisão determina ainda que os prefeitos sejam investigados por improbidade administrativa.
